对于大多数的慢性前列腺炎病人来说，最为头痛的一个问题就是尽管采用了许多种治疗方法，但疗效却不理想，或者治好后不久又有复发，从而成为一个，“老大难”问题。出现这种“老大难”的原因是什么呢?目前一般认为与前列腺本身的解剖位置和病理生理因素有着密切的关系。
从解剖上来看，前列腺分为中央区和外周区两个部分，它们中间都含有许多条腺管开口在后尿道精阜处，但在腺管的走行方向上两部分是不相同的。中央区腺管的走行方向与尿道几乎是平行的，与尿道相接的开口处角度很小，没有多大的阻力，这样既有利于射精，也有助于已进到前列腺内的细菌排出。而外周区腺管进入尿道的方向呈直角开口，正对着尿流，外部的压力相对增大，使得外来的细菌很容易进入外周区深部，而那些已停留在外周区内的细菌却不容易排出。加之前列腺位于人体盆腔区的深部，较为隐蔽，由细菌感染引起的微小病灶不易被发现；特别是发生在前列腺外周区的感染，因引流不畅更难早期发现。另外，前列腺与邻区的精囊、尿道和输精管都有联系，致病菌可以互相播散，增加了治疗的难度。
更为棘手的是，表现于慢性前列腺炎中的“恶性循环”，当前列腺的细菌感染导致腺体内疤痕形成、血管闭塞、局部组织纤维化等病理改变后，抗生素很难在腺体内有效地弥散，局部的抗生素浓度也就不可能达到足够的杀菌能力。这样一来，腺体就成了细菌繁殖和活动的隐蔽所，使得感染和随之而来的腺体组织纤维化和腺管阻塞等病理改变日趋严重。加之前列腺上皮细胞本身还具有一种“屏障”作用，对来自于血液的抗生素进入腺体有一定的选择能力，一般只有脂溶性高、蛋白结合率低的非离子碱性抗生素类药物才能透过这一生理性“屏障”，这就更增加了抗生素进入前列腺的难度。
不过，难治归难治，却还是要治的，而且还要想方设法去治好慢性前列腺炎。那么，到底有哪些治疗方法，哪一种又最有效呢?下面就来谈谈这个问题。
慢性前列腺炎的治疗应该以药物为主。口服抗生素是最方便的方法。至于到底应该选用哪一种药物最好?要根据前列腺液的菌培养结果采决定，看看细菌对何种抗生素最敏感，就用哪种抗生素。一般说来，利福平、红霉素、氟哌酸和复方新诺明等药，因其疗效较好、价格低廉，已广泛使用；而新近研制出来的氟嗪酸、、环丙氟哌酸和泰力特等抗生素，虽可透入前列腺内，使局部的药物浓度明显升高，达到抑杀细菌的作用，但它们的价格偏高(一天所用药费在10元以上)，难于长期使用。至于抗生素应该用多长时间，需要根据治疗效果来决定，通常都得要3—6个月才行。这是因为大多数病人在有规律的系统用药一个月左右，前列腺内的细菌虽然已被抑制住，但还不能完全有效地被杀灭，一有适当的机会，它们就可能再次活动，引起复发。同时，如果长时间用同一种抗生素，还容易出现耐药性，就是说细菌已经适应了某一种抗生素，不仅不再伯这种药物，而且可以抵御这种药物了。因此，现在有人建议，治疗开始阶段用“冲击”疗法，即选择两种以上的有效抗生素交替或同时使用一个月。等到前列腺液检查正常后作维持性治疗，方法是每隔15天左右更换一种抗生素，并逐渐减少用药剂量，维持时间多在半年以上。这种用药方法比较麻烦，但疗效可能会好些，只是需要病人有耐心，积极地配合治疗。
抗生素作用的局限性，也是慢性前列腺炎难治的原因之一。许多病人经过治疗，前列腺液可以恢复正常，但仍然感到局部疼痛不适。这是因为慢性前列腺炎引起的腺体及周围组织纤维化和肌肉挛缩，可压迫前列腺周围神经产生种种不适。对此，抗生素治疗是无能为力的，常常需要再配合物理治疗等其它方法，以缓解组织的纤维化。
理疗在慢性前列腺炎治疗中占有重要的地位，可以有效地控制疼痛等不适症状。理疗的方法很多，简单实用的有局部热敷和温水坐浴。这两种方法都可以在家里自己去做，病人只要把热毛巾或热水袋紧贴在会阴部就行，也可以在大盆中盛上水温在80℃以上的热水(或中药洗剂)，先熏后浸泡会阴部。这时，需要注意的只有一点：避免烫伤会阴部和阴囊的皮肤。
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