诊断男性不育症的一般程序：首先应明确是男性不育还是女性不孕或双方都患有不育疾病;如果是男性不育，应弄清男性绝对不育还是相对不育，是原发不育还是继发不育;最后应查明男性不育的原因。
男性不育症的检查和诊断方法一般有详细询问病史、体格检查、实验室检查、影像检查、其他检查等。
首先，医生会详细而完整地搜集病史，是确定诊断思路的重要依据。一般应从婚姻生育史、性生活史、既往病史、家庭成员病史等几方面询问。其次，检查包括身高、体重、体态、外形肥胖程度包括先天性睾丸畸形、损伤和发育不良等男性不育鉴别诊断，同时可做前列腺按摩采取前列腺液送化验室检查。
接下来是实验室检查，排除例如附睾炎、精囊炎、泌尿生殖道炎症、前列腺炎症等细菌感染的因素。另外，精液检查是诊断男性不育症的重要检查项目，它能反映睾丸产生精子的质量，精道的畅通性和附睾腺的分泌功能。
